日本には三つの旗があります。

天皇旗
日章旗(日の丸)
旭日旗

そもそもバカチョンの言い分がおかしいのです。
大日本帝國の軍旗は日章旗の日の丸。
旭日旗は大日本帝國 海軍旗。

ですから旭日旗に極度に反応するのがおかしいのです。しかも旭日旗に反応しだしたのは最近の話。
では、なぜバカチョンが旭日旗に極度に反応するようになったのかと言うと2011年のサッカー日韓戦でバカチョン選手が日本を馬鹿にする意味を込めて猿の真似をしました。それが問題になりバカチョン選手は言い訳としてスタンドで応援していた日本サポーターの旭日旗に頭に来たという苦し紛れの言い訳をしました。そこから韓国側の難癖言い掛かりが始まったのです。

旭日旗自体は昔から朝日が登る意味で日本人に馴染みのある旗で、いつからか旭日旗=軍旗の象徴と間違った認識が広まってしまいました。どこかで例の如く在日のプロパガンダが起きたのかもしれませんね。